STKIP Citra Bakti berada di bawah naungan yayasan Pendidikan Citra Masyakat Mandiri (YAPENTRI ) Ngada, sebagai Badan Penyelengara.
Badan Pengurus Yayasan
Ketua Yayasan: Wilfridus Muga, S.E, M.Pd
Sekretaris Yayasan: Bernardus Keo Siga, S.Kom
Bendahara Yayasan: Maria R. Silviana Toyo, S.E