STKIP Citra Bakti berada di bawah naungan yayasan Pendidikan Citra Masyakat Mandiri (YAPENTRI ) Ngada, sebagai Badan Penyelengara.
Badan Pengurus Yayasan
Ketua Yapentri
Wilfridus Muga, S.E., M.Pd
Sekretaris Yayasan: Bernardus Keo Siga, S.Kom
Bendahara Yapentri
Maria R. Silviana Toyo, S.E